Отражение результатов инвентаризации в бухгалтерском учете осуществляется в месяце, в котором завершилась инвентаризация. Итоги инвентаризации за год указываются в годовом бухотчете (п. 5.5 Методических предписаний по инвентаризации собственности и экономических обязательств).

Если во время аудиты выявлены избытки, то бухгалтер сформирует проводку:

Дт 08, 10, 41, 43, 50 Кт 91 — оприходованы ценности, обнаруженные при инвентаризации.
Если же обнаружена недостача, то вначале необходимо осуществить проводку по дебету сч. 94 в корреспонденции со счетом недостающих ценностей. Если это непринужденная убыль, то далее необходимо проводка:

Дт 20, 23, 44 Кт 94 — списана стоимость ТМЦ в пределах норм естественной убыли.
Если же размер недостачи выше норм естественной убыли либо для объекта такие нормы не установлены, а виновник недостачи функционирует в организации, то бухгалтер делает в бухучете запись:

Дт 73 Кт 94 — недостача отнесена на матответственное лицо.
Убыток можно удерживать из зарплаты сотрудника — но не более 20% зарплаты за месяц (ст. 138 ТК РФ):

Дт 70 Кт 73 — недостача удержана из зарплаты материального лица.
Виновное лицо может независимо внести денежные средства в кассу организации для погашения долга:

Дт 50 Кт 73 — материальное лицо внесло денежные средства в кассу для погашения долга.
Если же виновник недостачи не обнаружен либо суд не разрешил организации взыскивать с него денежные средства, делается запись:

Дт 91-2 Кт 94 — списан убыток от недостачи в связи с отсутствием виновного лица или отказе от взыскания.