Идентифицированными считаются белки, у которых по крайней мере два пептида имеют критерий подлинности поиска, который выше определенного значения. Размер подлинности обосновывается уникальностью регистрируемого комплекса масс для белка из базы данных, количеством возможных пептидов и полнотой перекрывания последовательности белка.